La investigación y la innovación al servicio de la sociedad constituyen uno de los principales pilares de la Universidad. La gran mayoría de los profesores de la UEMF son docentes-investigadores y su desarrollo profesional se basa en gran medida en su producción científica.
La UEMF tiene una infraestructura de investigación de muy alto nivel y algunas instalaciones son únicas en Marruecos, como la plataforma de fabricación aditiva (impresión 3D), la plataforma digital, etc.
La UEMF es actualmente la Universidad marroquí que tiene los contratos de investigación más importantes con el mundo socioeconómico, incluidos los sectores aeronáutico, automovilístico, de energías renovables, agroindustria, digital, biomédico, de planificación del territorio, del patrimonio cultural y los desafíos del área euromediterránea-africana.
La investigación en la UEMF es realizada por docentes-investigadores altamente cualificados reconocidos por su producción científica, y por estudiantes de doctorado y postdoctorado de diferentes nacionalidades.