La Direction des Affaires Administratives et Financières a pour missions de :

• veiller aux équilibres financiers de l’Université ;
• optimiser les ressources financières pour une meilleure allocation ;
• assurer la production et la fiabilité des informations comptables (générale et analytique) selon les règles et les normes en vigueur ;
• produire des états analytiques par Établissement et Direction ;
• appliquer les règles comptables spécifiques à l’activité de l’UEMF et à son statut juridique ;
• garantir la bonne exécution et l’intégrité des opérations de trésorerie ; 
• assurer la production des arrêtés périodiques et annuels et établir le dossier de clôture des comptes ;
• veiller au respect du manuel des procédures comptables ;
• participer aux opérations d’inventaire et produire toutes informations comptables relatives au patrimoine de l’Université ;
• alerter sur tout fait qui peut altérer les actifs de l’UMF (immobilisations, clients, stocks …..) ;
• rapprocher les données comptables de celles issues des solutions métiers ;
• assurer l’administration fonctionnelle du volet finance du SI ;
• participer aux opérations d'audit et de commissariat au compte ;
• assurer l’interface avec les bailleurs de fonds pour les volets financiers ;
• garantir la pertinence des informations issues de la comptabilité analytique ; 
• élaborer et assurer le suivi  de la mise en place des outils de pilotage des réalisations de l'UEMF ;
• conduire des analyses périodiques sur l'exécution des budgets annuels et assurer le suivi des indicateurs de performances ;
• établir le reporting mensuel ;
• participer à l'amélioration qualitative des informations comptables ;
• assurer le support des Établissements de l'UEMF en matière des informations budgétaires ;
• contribuer à  toutes les améliorations du SI ;
• participer au suivi budgétaire des subventions ;
• établir et assurer le suivi des programmes d'emploi des projets de recherche de l’UEMF;
• veiller au respect des exigences fiscales et sociales de l'UEMF conformément aux règlements en vigueur ; 
• appliquer les règles de conformités auxquelles est soumise l’UEMF (Office des changes, douanes…).