Las actividades de investigación se llevan a cabo dentro del Centro de Investigación de la UEMF. La organización interna de este centro incluye dos unidades, una en Ingeniería y otra en Ciencias Humanas y Sociales, y equipos de investigación acreditados por la Universidad, cada uno compuesto por más de dos docentes investigadores. El Centro cuenta con plataformas tecnológicas con equipos científicos y tecnológicos de muy alto nivel accesibles a toda la comunidad científica del Centro. El Centro tiene un director, un comité directivo y un consejo científico.
Las actividades de investigación se llevan a cabo sobre temas prioritarios que satisfacen las necesidades de la estrategia de investigación e innovación de la UEMF. El personal de investigación, que incluye estudiantes de doctorado, posdoctorados, profesores de investigación, ingenieros y técnicos, debe cumplir con el plan de trabajo aprobado por los órganos rectores de la Universidad con respecto a los ejes prioritarios de la UEMF y en estricto cumplimiento de la carta de ética de UEMF y las normas vigentes sobre el uso de animales o la experimentación con humanos.
Se estimula al personal de investigación de la universidad a buscar otras fuentes de financiación al establecer vínculos con el mundo socioeconómico e industrial y al participar en programas de financiación nacionales e internacionales. La UEMF establece incentivos para recompensar a los profesores-investigadores más activos. Un investigador de la UEMF que obtiene un proyecto de investigación financiado por fuentes externas a la Universidad autoriza directamente los gastos relacionados con su proyecto de investigación. Los investigadores pueden incluir en el presupuesto del proyecto de investigación presentado a los organismos otorgantes primas personales aprobadas por dicho organismo otorgante y por la UEMF. La Universidad también puede otorgar primas de investigación a los profesores más merecedores, especialmente a aquellos que publican los resultados de su investigación en prestigiosas revistas internacionales con factores de alto impacto como NATURE y SCIENCE.